你在 iPad 上替一句話畫了條底線。這條線現在存在哪裡？當你在筆記型電腦上打開同一篇論文時，它還會在嗎？
對 Zotero 來說，這個問題的答案比幾乎所有其他地方都好，而原因只在於格式上的一個細節。
Zotero 把什麼存成註解
Zotero 的 PDF 閱讀器提供螢光標記、底線、筆記、區域選取和一個繪圖工具。它們全都作為註解儲存在你的文獻庫裡，和其他一切一起同步。
有意思的是最後一個。Zotero 的筆跡註解記錄的不是你畫過的地方周圍的一個矩形，而是筆畫本身：你的筆走過的路徑，以及畫的時候用的粗細，落在某一頁上。
這聽起來像是實作細節。但它決定了你的手寫是你文獻庫的一部分，還是只是一張圖片。
為什麼有一個放筆跡的位置很重要
大多數文獻管理工具把註解建模為「類型 + 頁面上的一個矩形」。這對你對文字所做的事很合適：標記一段範圍，把一則筆記釘在某個位置。但它沒有辦法描述一條彎曲的線。
Mendeley 是最清楚的例子：它的註解模型包括螢光標記、便利貼和底線，每一種都用一個外接矩形來定位，根本沒有筆跡這種類型。Mendeley 文獻庫裡的手寫只能放在註解模型之外，或者被壓平燒進檔案裡。（這種情況在如何在 iPad 上為 Mendeley 的 PDF 加註解裡有詳細討論。）
Zotero 做了不同的選擇。因為筆跡是一等的註解類型，在 iPad 上寫下的手寫可以和你標記的其他一切是同一種物件：它會同步，屬於那個項目，之後可以刪除或編輯，而且在電腦上就能看到。
對於用觸控筆閱讀的人來說，這是兩個文獻庫之間最具決定性的一個差別。
如果你在 Zotero 自己的閱讀器裡註解
在 Zotero 閱讀器裡做的標記，按定義就是 Zotero 註解。它們會同步，會出現在你的其他裝置上，什麼都不會被留下。這是衡量其他一切的基準。
如果你在另一個 PDF 應用程式裡註解
下載附件，在別處打開，在那裡做標記。
這些標記屬於那個應用程式裡的那份檔案副本。Zotero 不知道它們的存在，你文獻庫裡的項目仍然指向沒有這些標記的版本。有些閱讀器可以匯出一份把標記燒進去的壓平副本，你可以把它重新附加回去，但壓平的註解是標記的影像，而不是標記本身。它無法搜尋，無法按顏色篩選，也無法編輯。
一個學期的閱讀就是這樣悄悄地堆到了錯誤的地方。
如果你在一個會同步的應用程式裡註解
登入了你 Zotero 帳號的應用程式，可以透過和電腦端相同的 API 建立註解。在 iPad 上做的螢光標記，會成為你文獻庫裡的螢光標記。用 Apple Pencil 畫的一筆，會成為那一頁上帶有路徑的筆跡註解。
一種開放到足以描述一筆筆畫的格式，它的全部承諾就在這裡：iPad 上的應用程式和你桌上的應用程式寫的是同一種物件。
筆跡唯一不能成為 Zotero 註解的地方：閱讀模式
有一個例外，而且只針對一件事：在閱讀模式裡寫下的手寫。閱讀模式是把雙欄論文重排成單欄、便於閱讀的檢視。它值得理解，因為這不是應用程式的限制。
Zotero 的筆跡註解錨定在頁面座標上：第 7 頁上這個位置的一筆。這需要有一頁。而在閱讀模式裡，文字已經不在原來的頁面上排列了：它被重新排成適合你螢幕的樣子，用的是你選擇的字級。在這個表面上畫的一筆沒有可記錄的頁面座標，因為它不是畫在某一頁上的。
所以，在閱讀模式裡寫下的手寫不能成為 Zotero 的筆跡註解。它必須用別的方式保存。畫在原始 PDF 頁面上的手寫不受影響，會照常作為筆跡註解同步。
Rectoly 在其中的位置
Rectoly for Zotero 登入你的 Zotero 帳號，寫入真正的註解。螢光標記、底線和筆記進入你的文獻庫，PDF 頁面上的 Apple Pencil 筆畫成為 Zotero 筆跡註解，和 Zotero 自己的閱讀器建立的是同一種物件，在電腦上就能看到。
在閱讀模式裡寫下的手寫，就是上面說的那個例外。因為沒有可以儲存的頁面位置，它由 Rectoly 而不是 Zotero 來承載：它會到達你閱讀所用的其他裝置，包括 Windows 和 Mac 上的 Rectoly，在那裡畫在同樣重排過的文字上，並且可以匯出為 JSON。它被保留下來，也不綁定在某一台裝置上；只是 Zotero 的格式容納不了它而已。
離線時做的標記儲存在裝置上，重新連線後上傳。如果一次同步會抹掉一篇論文的大部分手寫，或者兩台裝置的內容不一致，Rectoly 會停下來告訴你，而不是悄悄地自行解決。
常見問題
Apple Pencil 的手寫會同步到 Zotero 嗎？
畫在原始 PDF 頁面上的手寫會，它作為筆跡註解同步，所以和其他註解一樣出現在電腦上。在閱讀模式裡畫的手寫不會，因為沒有可以記錄它的頁面位置。不過它不會因此被困在 iPad 上：Rectoly 會把它帶到你閱讀所用的其他裝置，包括 Windows 和 Mac 上的 Rectoly。只有 Zotero 自己的閱讀器沒有辦法顯示它。
我在電腦上做的註解會出現在 iPad 上嗎？
會，只要用的是既能寫也能讀的應用程式。註解是文獻庫的資料，不是應用程式的資料。
如果我在別的閱讀器裡替 PDF 做了標記，能把這些標記弄進 Zotero 嗎？
不能作為註解弄進去。你可以附加一份壓平的副本，但結果是你標記的圖片，而不是 Zotero 能搜尋或編輯的標記。
在 Mendeley 裡有什麼不同嗎？
有，而且對手寫的人來說這是主要的差別。Mendeley 的註解模型沒有筆跡類型，所以手寫根本無法成為 Mendeley 註解。細節見如何在 iPad 上為 Mendeley 的 PDF 加註解。
結語
人們比較文獻管理工具時，通常看引用樣式和儲存空間配額。如果你用觸控筆閱讀，更有用的問題是：這種格式有沒有一個容得下你所畫內容的形狀。
Zotero 的格式有。在決定把幾年的頁邊筆記放在哪裡之前，這一點值得知道。