你在 iPad 上给一句话画了条下划线。这条线现在存在哪里？当你在笔记本电脑上打开同一篇论文时，它还会在吗？
对 Zotero 来说，这个问题的答案比几乎所有其他地方都要好，而原因只在于格式上的一个细节。
Zotero 把什么存成批注
Zotero 的 PDF 阅读器提供高亮、下划线、笔记、区域选择和一个绘图工具。它们全都作为批注保存在你的文献库里，和其他一切一起同步。
有意思的是最后一个。Zotero 的墨迹批注记录的不是你画过的地方周围的一个矩形，而是笔画本身：你的笔走过的路径，以及画的时候用的粗细，落在某一页上。
这听起来像是实现细节。但它决定了你的手写是你文献库的一部分，还是只是一张图片。
为什么有一个放墨迹的位置很重要
大多数文献管理工具把批注建模为“类型 + 页面上的一个矩形”。这对你对文字所做的事很合适：标记一段范围，把一条笔记钉在某个位置。但它没有办法描述一条弯曲的线。
Mendeley 是最清楚的例子：它的批注模型包括高亮、便签和下划线，每一种都用一个外接矩形来定位，根本没有墨迹这种类型。Mendeley 文献库里的手写只能放在批注模型之外，或者被压平烧进文件里。（这种情况在如何在 iPad 上给 Mendeley 的 PDF 做批注里有详细讨论。）
Zotero 做了不同的选择。因为墨迹是一等的批注类型，在 iPad 上写下的手写可以和你标记的其他一切是同一种对象：它会同步，属于那个条目，以后可以删除或编辑，而且在电脑上就能看到。
对于用触控笔阅读的人来说，这是两个文献库之间最具决定性的一个差别。
如果你在 Zotero 自己的阅读器里批注
在 Zotero 阅读器里做的标记，按定义就是 Zotero 批注。它们会同步，会出现在你的其他设备上，什么都不会被落下。这是衡量其他一切的基准。
如果你在另一个 PDF 应用里批注
下载附件，在别处打开，在那里做标记。
这些标记属于那个应用里的那份文件副本。Zotero 不知道它们的存在，你文献库里的条目仍然指向没有这些标记的版本。有些阅读器可以导出一份把标记烧进去的压平副本，你可以把它重新附加回去，但压平的批注是标记的图像，而不是标记本身。它无法搜索，无法按颜色筛选，也无法编辑。
一个学期的阅读就是这样悄悄地堆到了错误的地方。
如果你在一个会同步的应用里批注
登录了你 Zotero 账户的应用，可以通过和电脑端相同的 API 创建批注。在 iPad 上做的高亮，会成为你文献库里的高亮。用 Apple Pencil 画的一笔，会成为那一页上带有路径的墨迹批注。
一种开放到足以描述一笔笔画的格式，它的全部承诺就在这里：iPad 上的应用和你桌上的应用写的是同一种对象。
墨迹唯一不能成为 Zotero 批注的地方：阅读模式
有一个例外，而且只针对一件事：在阅读模式里写下的手写。阅读模式是把双栏论文重排成单栏、便于阅读的视图。它值得理解，因为这不是应用的限制。
Zotero 的墨迹批注锚定在页面坐标上：第 7 页上这个位置的一笔。这需要有一页。而在阅读模式里，文字已经不在原来的页面上排布了：它被重新排成适合你屏幕的样子，用的是你选择的字号。在这个表面上画的一笔没有可记录的页面坐标，因为它不是画在某一页上的。
所以，在阅读模式里写下的手写不能成为 Zotero 的墨迹批注。它必须用别的方式保存。画在原始 PDF 页面上的手写不受影响，会照常作为墨迹批注同步。
Rectoly 在其中的位置
Rectoly for Zotero 登录你的 Zotero 账户，写入真正的批注。高亮、下划线和笔记进入你的文献库，PDF 页面上的 Apple Pencil 笔画成为 Zotero 墨迹批注，和 Zotero 自己的阅读器创建的是同一种对象，在电脑上就能看到。
在阅读模式里写下的手写，就是上面说的那个例外。因为没有可以保存的页面位置，它由 Rectoly 而不是 Zotero 来承载：它会到达你阅读所用的其他设备，包括 Windows 和 Mac 上的 Rectoly，在那里画在同样重排过的文字上，并且可以导出为 JSON。它被保留下来，也不绑定在某一台设备上；只是 Zotero 的格式容纳不了它而已。
离线时做的标记保存在设备上，重新联网后上传。如果一次同步会抹掉一篇论文的大部分手写，或者两台设备的内容不一致，Rectoly 会停下来告诉你，而不是悄悄地自行解决。
常见问题
Apple Pencil 的手写会同步到 Zotero 吗？
画在原始 PDF 页面上的手写会，它作为墨迹批注同步，所以和其他批注一样出现在电脑上。在阅读模式里画的手写不会，因为没有可以记录它的页面位置。不过它不会因此被困在 iPad 上：Rectoly 会把它带到你阅读所用的其他设备，包括 Windows 和 Mac 上的 Rectoly。只有 Zotero 自己的阅读器没有办法显示它。
我在电脑上做的批注会出现在 iPad 上吗？
会，只要用的是既能写也能读的应用。批注是文献库的数据，不是应用的数据。
如果我在别的阅读器里给 PDF 做了标记，能把这些标记弄进 Zotero 吗？
不能作为批注弄进去。你可以附加一份压平的副本，但结果是你标记的图片，而不是 Zotero 能搜索或编辑的标记。
在 Mendeley 里有什么不同吗？
有，而且对手写的人来说这是主要的差别。Mendeley 的批注模型没有墨迹类型，所以手写根本无法成为 Mendeley 批注。细节见如何在 iPad 上给 Mendeley 的 PDF 做批注。
结语
人们比较文献管理工具时，通常看引用样式和存储配额。如果你用触控笔阅读，更有用的问题是：这种格式有没有一个容得下你所画内容的形状。
Zotero 的格式有。在决定把几年的页边笔记放在哪里之前，这一点值得知道。