在 iPad 上閱讀並標註 Zotero 論文，實際可行的方法有四種：Zotero 官方 App、PaperShip、把 PDF 傳過去的筆記 App（例如 GoodNotes），以及 Rectoly for Zotero。
Rectoly 是我做的，所以請用看任何廠商自家比較表時的那份懷疑，來看 Rectoly 那一欄。以下每一條都在 2026 年 9 月 24 日對照 App Store 的頁面與 Zotero 論壇查證過，引自其他地方的說法都附上了連結。如果有錯，請告訴我，我會更正。
一張表看結論
| Zotero 官方 App | PaperShip | GoodNotes（把 PDF 傳過去） | Rectoly for Zotero |
|---|
| 開發者 | Zotero | Shazino | Goodnotes | 獨立開發者 |
| App Store 最近一次更新 | 2026 年 6 月 25 日（2.0.7） | 2019 年 11 月 13 日（3.8.5） | 2026 年 9 月 21 日（7.1.24） | 2026 年 9 月 24 日（4.0.0） |
| 價格 | 免費 | 免費，註解工具需 App 內購買 | 買斷 28.99 美元，或每年 11.99 美元 | 14 天試用後買斷 19.99 美元 |
| 開啟你的 Zotero 文獻庫 | 能 | 自 2025 年底起有登入失敗的回報 | 不能，透過分享表單一次傳一個 PDF | 能 |
| 螢光筆標記與筆記回到 Zotero | 會，作為 Zotero 註解 | 寫進 PDF 檔案 | 不會，留在 GoodNotes 裡 | 會，作為 Zotero 註解 |
| Apple Pencil 手寫回到 Zotero | 會，作為 Zotero 墨跡註解 | 寫進 PDF 檔案 | 不會，留在 GoodNotes 裡 | 會，作為 Zotero 墨跡註解 |
| 把雙欄論文重排成單欄 | 否 | 否 | 否 | 是（閱讀模式） |
| ZotFile / ZotMoov 的連結檔案 | 不能 | 不能 | 只能自己手動分享檔案 | 能，從 iPad 上的同步資料夾開啟 |
| 群組文獻庫 | 支援 | 支援 | 不支援 | 支援 |
| Mac 與 Windows 上也有 | Zotero 桌面版 | Mac（同一個 2019 年的版本） | Mac | Mac 與 Windows，同一次購買 |
本文其餘的部分，是每個格子背後的理由。
「回到 Zotero」是什麼意思
這是最重要的一欄，也是最容易弄錯的一欄，所以放在最前面。
Zotero 不把你的螢光筆標記存在 PDF 裡。它把這些標記當作註解項目存在你的文獻庫中，每一條都附在對應的論文上，並像其他項目一樣同步。這就是為什麼在電腦上畫的螢光筆標記會出現在手機上，也是為什麼 Zotero 的格式裡留了一個放手繪墨跡的位置，而大多數文獻管理軟體沒有（細節見 Zotero 如何處理你在 iPad 上做的註解）。
所以對每一種方法，該問的不是「我能不能在頁面上畫」，而是「畫的東西會不會變成 Zotero 註解」。會的話，它就跟著論文走到任何地方。如果只是寫進了 PDF 檔案，Zotero 的閱讀器會把它當作頁面影像的一部分顯示，無法作為註解編輯、搜尋或刪除。Zotero 7 可以事後從 PDF 匯入註解，但 2025 年 8 月的一則論壇討論記錄了手繪墨跡和自由文字筆記匯不進來。
Zotero 官方 App
這是參照點。它免費，由做 Zotero 的人開發，註解是貨真價實的：螢光筆標記、筆記、區域選取和 Apple Pencil 墨跡都作為 Zotero 註解同步，群組文獻庫裡也一樣。它還能讀 EPUB 和網頁快照，這裡的其他幾個都做不到。
有兩件事它不做，兩件都由 Zotero 的工作人員在論壇上確認過。它不會用外部 App 開啟 PDF，也不讀取連結檔案，也就是 ZotFile 或 ZotMoov 移到 Dropbox 或 Google Drive 資料夾裡的那些 PDF（External pdf reader support on iPad，2025 年 7 月）。如果你的文獻庫是建立在連結檔案之上的，論壇上的變通做法是出差前把幾篇論文移進 Zotero Storage，回來後再移回去（iPad for reading annotating pdf books then sync back）。
它也是按原版面顯示 PDF，所以在 11 吋的螢幕上讀雙欄論文，就意味著不停地放大和平移。這會不會困擾你，取決於你在 iPad 上讀多少、在筆記型電腦上讀多少。
PaperShip
多年來，PaperShip 一直是這個問題的答案。它讀取 Zotero 或 Mendeley 文獻庫，用螢光筆標記、筆記、手繪和圖章標註 PDF，美國 App Store 上的 926 則評分就是證明。
2026 年 9 月的事實是：目前的版本 3.8.5 發布於 2019 年 11 月 13 日，此後再無更新。最近的 App Store 評論回報登入 Zotero 無法完成（一則 2025 年 10 月的評論描述 OAuth 交握失敗，一則 2026 年 3 月的評論說 App 沒有加入 Zotero 在登入中新增的驗證碼步驟），一則 2025 年 1 月的評論說註解不再同步到 Mendeley。我沒能親自驗證目前的登入情況，所以請把「壞了」理解為「有人回報壞了，一年沒修」。
如果它能讓你登入，請記得它的註解是寫進 PDF 檔案的。Zotero 的閱讀器會顯示它們，但是作為頁面的一部分，而不是你能編輯或擷取的註解。
GoodNotes，把 PDF 傳過去
嚴格說這根本不是 Zotero 的 App，但很多人實際上就是這麼工作的，所以放進來。你在 Zotero 的 App 裡開啟論文，把 PDF 分享到 GoodNotes，在那裡讀和寫。GoodNotes 的筆很出色，它的評分（455,000 則）反映了這一點。
你放棄的是文獻庫。GoodNotes 持有檔案的一個副本，你寫的一切都留在那個副本裡。要把螢光筆標記弄回 Zotero，你得匯出帶註解的 PDF，附加到項目上，再執行 Zotero 的匯入，這會帶回螢光筆標記和筆記，但帶不回你的手寫（上面連結的那則討論）。大多數人不會這麼做，他們的閱讀筆記最後永久留在 GoodNotes 裡，與 Zotero 中這篇論文的紀錄彼此分離。
價格是買斷 28.99 美元，或 Essential 方案每年 11.99 美元。如果你已經因為其他原因付費使用 GoodNotes，那麼邊際成本為零，這是支持它的一個實實在在的理由。
Rectoly for Zotero
Rectoly 是付費的第三方閱讀器。它透過官方 API 登入你的 Zotero 帳號，讀取你的文獻庫和群組文獻庫，把螢光筆標記、底線、筆記和 Apple Pencil 墨跡作為 Zotero 註解寫回去，因此下一次同步後它們會出現在電腦上的 Zotero 裡，行為和在那裡做的註解一樣。
它與官方 App 的兩點不同，一是閱讀模式，把雙欄論文重排成單欄，你可以在上面畫螢光筆和書寫；二是連結檔案：如果 ZotFile 或 ZotMoov 使用的 Dropbox 或 Drive 資料夾在 iPad 上可用，Rectoly 就從那裡開啟 PDF，註解照樣送到 Zotero。你在 iPad 上新增的論文照常進入 Zotero Storage。如果你的附件不是透過 Zotero Storage，而是透過自己的 WebDAV 伺服器同步，自 4.0 版起，Rectoly 同樣從那裡讀取並寫回。
坦白說說限制。它是 14 天試用後買斷 19.99 美元，而 Zotero 的 App 是免費的。它只讀 PDF，不讀 EPUB 和快照。而且它是一個獨立專案：App Store 的頁面是 2026 年 9 月的，它的實際行為記錄在使用指南裡，包括它不做的事。
選哪一個
- 你主要在筆記型電腦上讀，偶爾在 iPad 上查點東西： Zotero 的 App。它免費，註解完全正確。
- 你的文獻庫建立在 ZotFile 或 ZotMoov 的連結檔案之上： Zotero 的 App 打不開它們。要嘛用論壇上「先移進再移出」的做法，要嘛用 Rectoly。這兩種，加上第三種做法，都在 iPad 上的 Zotero 連結檔案裡一步步說明了。
- 你在 iPad 上一讀就是好幾個小時，雙欄版面讓你疲憊： Rectoly 的閱讀模式是這份清單裡唯一的重排。
- 手寫是你思考的主要方式，而且你不需要把它放進 Zotero： GoodNotes，把 PDF 傳過去。
- PaperShip 在 2019 年之前是合理的選擇。在它更新之前，很難推薦給今天需要登入的任何人。
如果你想自己查證 Zotero 那一欄，App 是免費的；如果你想查證 Rectoly 那一欄，試用期 14 天，不需要信用卡。上面連結的論壇討論，是看別人遇到了什麼的最佳去處。