在 iPad 上阅读并标注 Zotero 论文，现实可行的方法有四种：Zotero 官方应用、PaperShip、把 PDF 传过去的笔记应用（例如 GoodNotes），以及 Rectoly for Zotero。
Rectoly 是我做的，所以请用看任何厂商自家对比表时的那份怀疑，来看 Rectoly 那一列。下面的每一条都在 2026 年 9 月 24 日对照 App Store 的页面和 Zotero 论坛核实过，引自别处的说法都附了链接。如果有错，请告诉我，我会改正。
一张表看结论
| Zotero 官方应用 | PaperShip | GoodNotes（把 PDF 传过去） | Rectoly for Zotero |
|---|
| 开发方 | Zotero | Shazino | Goodnotes | 独立开发者 |
| App Store 最近一次更新 | 2026 年 6 月 25 日（2.0.7） | 2019 年 11 月 13 日（3.8.5） | 2026 年 9 月 21 日（7.1.24） | 2026 年 9 月 24 日（4.0.0） |
| 价格 | 免费 | 免费，批注工具需应用内购买 | 一次性 28.99 美元，或每年 11.99 美元 | 14 天试用后一次性 19.99 美元 |
| 打开你的 Zotero 文库 | 能 | 自 2025 年底起有登录失败的报告 | 不能，通过共享表单一次传一个 PDF | 能 |
| 高亮和笔记回到 Zotero | 回，作为 Zotero 注释 | 写进 PDF 文件 | 不回，留在 GoodNotes 里 | 回，作为 Zotero 注释 |
| Apple Pencil 手写回到 Zotero | 回，作为 Zotero 墨迹注释 | 写进 PDF 文件 | 不回，留在 GoodNotes 里 | 回，作为 Zotero 墨迹注释 |
| 把双栏论文重排成单栏 | 否 | 否 | 否 | 是（阅读模式） |
| ZotFile / ZotMoov 的链接文件 | 不能 | 不能 | 只能自己手动共享文件 | 能，从 iPad 上的同步文件夹打开 |
| 群组文库 | 支持 | 支持 | 不支持 | 支持 |
| Mac 和 Windows 上也有 | Zotero 桌面版 | Mac（同一个 2019 年的版本） | Mac | Mac 和 Windows，同一次购买 |
本文余下的部分，是每个单元格背后的依据。
“回到 Zotero”是什么意思
这是最重要的一列，也是最容易弄错的一列，所以放在最前面。
Zotero 不把你的高亮保存在 PDF 里。它把高亮作为注释条目存在你的文库中，每条都附在对应的论文上，并像其他条目一样同步。这就是为什么在桌面上画的高亮会出现在手机上，也是为什么 Zotero 的格式里留了一个放手绘墨迹的位置，而大多数文献管理软件没有（细节见 Zotero 如何处理你在 iPad 上做的注释）。
所以对每一种方法，要问的不是“我能不能在页面上画”，而是“画的东西会不会变成 Zotero 注释”。会的话，它就跟着论文走到任何地方。如果只是写进了 PDF 文件，Zotero 的阅读器会把它当作页面图像的一部分显示，无法作为注释编辑、搜索或删除。Zotero 7 可以事后从 PDF 导入注释，但 2025 年 8 月的一个论坛帖子记录了手绘墨迹和自由文本笔记导不进来。
Zotero 官方应用
这是参照点。它免费，由做 Zotero 的人开发，注释是货真价实的：高亮、笔记、区域选择和 Apple Pencil 墨迹都作为 Zotero 注释同步，群组文库里也一样。它还能读 EPUB 和网页快照，这里的其他几个都做不到。
有两件事它不做，两件都由 Zotero 的工作人员在论坛上确认过。它不会用外部应用打开 PDF，也不读取链接文件，也就是 ZotFile 或 ZotMoov 移到 Dropbox 或 Google Drive 文件夹里的那些 PDF（External pdf reader support on iPad，2025 年 7 月）。如果你的文库是建立在链接文件之上的，论坛上的变通办法是出差前把几篇论文移进 Zotero Storage，回来后再移回去（iPad for reading annotating pdf books then sync back）。
它还按原版式显示 PDF，所以在 11 英寸的屏幕上读双栏论文，就意味着不停地放大和平移。这是否困扰你，取决于你在 iPad 上读多少、在笔记本电脑上读多少。
PaperShip
多年来，PaperShip 一直是这个问题的答案。它读取 Zotero 或 Mendeley 文库，用高亮、笔记、手绘和图章批注 PDF，美国 App Store 上的 926 条评分就是证明。
2026 年 9 月的事实是：当前版本 3.8.5 发布于 2019 年 11 月 13 日，此后再无更新。最近的 App Store 评论反映登录 Zotero 无法完成（一条 2025 年 10 月的评论描述 OAuth 握手失败，一条 2026 年 3 月的评论说应用没有加入 Zotero 在登录中新增的验证码步骤），一条 2025 年 1 月的评论说注释不再同步到 Mendeley。我没能亲自验证目前的登录情况，所以请把“坏了”理解为“有人报告坏了，一年没修”。
如果它能让你登录，请记住它的注释是写进 PDF 文件的。Zotero 的阅读器会显示它们，但是作为页面的一部分，而不是你能编辑或提取的注释。
GoodNotes，把 PDF 传过去
严格说这根本不是 Zotero 应用，但很多人实际上就是这么工作的，所以放进来。你在 Zotero 的应用里打开论文，把 PDF 共享到 GoodNotes，在那里读和写。GoodNotes 的笔很出色，它的评分（455,000 条）反映了这一点。
你放弃的是文库。GoodNotes 持有文件的一个副本，你写的一切都留在那个副本里。要把高亮弄回 Zotero，你要导出带批注的 PDF，附到条目上，再运行 Zotero 的导入，这会带回高亮和笔记，但带不回你的手写（上面链接的那个帖子）。大多数人不会这么做，他们的阅读笔记最后永久留在 GoodNotes 里，与 Zotero 中这篇论文的记录相互分离。
价格是一次性 28.99 美元，或 Essential 方案每年 11.99 美元。如果你已经因为别的原因在为 GoodNotes 付费，那么边际成本为零，这是支持它的一个实实在在的理由。
Rectoly for Zotero
Rectoly 是一个付费的第三方阅读器。它通过官方 API 登录你的 Zotero 账户，读取你的文库和群组文库，把高亮、下划线、笔记和 Apple Pencil 墨迹作为 Zotero 注释写回去，因此下一次同步后它们会出现在桌面上的 Zotero 里，行为和在那里做的注释一样。
它与官方应用的两点不同，一是阅读模式，把双栏论文重排成单栏，你可以在上面高亮和书写；二是链接文件：如果 ZotFile 或 ZotMoov 使用的 Dropbox 或 Drive 文件夹在 iPad 上可用，Rectoly 就从那里打开 PDF，注释照样送到 Zotero。你在 iPad 上添加的论文照常进入 Zotero Storage。如果你的附件不是通过 Zotero Storage 而是通过自己的 WebDAV 服务器同步，自 4.0 版起，Rectoly 同样从那里读取并写回。
坦率地说说限制。它是 14 天试用后一次性 19.99 美元，而 Zotero 的应用是免费的。它只读 PDF，不读 EPUB 和快照。而且它是一个独立项目：App Store 的页面是 2026 年 9 月的，它的实际行为记录在使用指南里，包括它不做的事。
选哪个
- 你主要在笔记本电脑上读，偶尔在 iPad 上查点东西： Zotero 的应用。它免费，注释完全正确。
- 你的文库建立在 ZotFile 或 ZotMoov 的链接文件之上： Zotero 的应用打不开它们。要么用论坛上“先移进再移出”的办法，要么用 Rectoly。这两种，加上第三种办法，都在 iPad 上的 Zotero 链接文件里一步步讲了。
- 你在 iPad 上一读就是几个小时，双栏版式让你疲惫： Rectoly 的阅读模式是这份名单里唯一的重排。
- 手写是你思考的主要方式，而且你不需要把它放进 Zotero： GoodNotes，把 PDF 传过去。
- PaperShip 在 2019 年之前是合理的选择。在它更新之前，很难推荐给今天需要登录的任何人。
如果你想自己核对 Zotero 那一列，应用是免费的；如果你想核对 Rectoly 那一列，试用期 14 天，不需要银行卡。上面链接的论坛帖子，是看别人遇到了什么的最佳去处。