iPad で PDF に書き込む・注釈する方法【2026年】無料の標準機能、Apple Pencil、おすすめアプリの比較

iPad で PDF に書き込むには、ファイル App かプレビューで PDF を開き、マークアップのボタンを押して、Apple Pencil か指で書きます。無料で、ほかのアプリは要らず、書き込みは PDF そのものに保存されます。書類の記入や契約書、ときどき読む記事なら、これで足ります。毎日のように PDF に書き込むなら、ペンよりもアプリ選びのほうが大事です。アプリごとに注釈を残す場所が違い、それによって、ほかの端末やほかのアプリで書き込みをまた見つけられるかが決まるからです。

この記事では両方を扱います。標準機能での手順と、主な注釈アプリの違い。最後に、論文を読む人のための節があります。

無料の方法: ファイル App とプレビューのマークアップ

どの iPad にも、Apple の書き込み機能「マークアップ」がファイル App に入っています。iPadOS 26 からは、Mac でおなじみの PDF・画像のアプリ「プレビュー」も iPad に来ていて、同じマークアップの道具が使えます。

ファイル App で PDF を開きます。または、プレビューを開いてファイルを選びます。
マークアップのボタン(ペン先のアイコン)を押します。
パレットから道具を選びます。ペン、蛍光ペン、鉛筆、消しゴム、定規。+ のボタンで、テキストボックス、署名、図形を足せます。
Apple Pencil で書きます。Pencil が無ければ指でも書けます。
完了を押します。書き込みは PDF ファイルに保存されます。

ブック App に入れた PDF でも同じことができます。3 つとも無料で、書き込みがファイルそのものに入るので、ほかの端末のほかの PDF アプリでも表示されます。

マークアップにできないのは、整理です。ハイライトの一覧も、ファイルをまたいだ検索も、書類を置いている場所とのつながりもありません。PDF 1 本なら困りません。1 学期分の論文となると、困ります。

注釈はどこに残るのか

アプリを選ぶときに決め手になるのはこの問いで、多くの比較記事が飛ばしている点です。アプリが書き込みを残す場所は 3 つあります。

PDF ファイルの中。 マークアップ、プレビュー、PDF Expert、Adobe Acrobat Reader は、標準の PDF 注釈としてファイルに書き込みます。人に PDF を送っても、ほかのアプリで開いても、書き込みはそこにあります。
アプリ自身のノートの中。 Goodnotes や Notability のようなノートアプリは PDF を自分のノートに取り込み、LiquidText は自分のプロジェクトに取り込みます。書き込みはそのアプリの中に残ります。書き込み入りの PDF が欲しいときはコピーを書き出し、その際に書き込みがページに焼き付けられて、あとから編集できなくなることがよくあります。
文献管理ソフトの中。 論文なら、Zotero のアプリと Rectoly は、書き込みを Zotero や Mendeley のライブラリの注釈として保存します。パソコンやほかの端末でも、その論文と一緒に表示されます。

「書き込みが消えた」「注釈が表示されない」のよくある原因もこれです。自分のノートの中に書き込みを残すアプリで書き、別の場所で開いたのは、書き込みの入っていない元の PDF だった、ということです。

主な注釈アプリの比較

価格とプランは 2026 年 11 月時点の米国 App Store の表示です。

アプリ	向いている使い方	注釈が残る場所	価格
ファイル App とプレビュー(標準)	書類の記入、署名、ちょっとした書き込み	PDF の中	無料
Adobe Acrobat Reader	誰でも開けるコメントとハイライト	PDF の中	ハイライトとコメントは無料。PDF の編集はサブスクリプション
PDF Expert	たくさんの PDF を速く読んで書き込む	PDF の中	注釈は無料。編集は有料プラン
Goodnotes	手書き中心の勉強ノート	Goodnotes のノートの中。コピーを書き出す	無料で始められ、サブスクリプション。買い切りの購入も表示あり
Notability	録音つきの講義ノート	Notability のノートの中。コピーを書き出す	制限つきで無料。サブスクリプション
LiquidText	複数の文書から抜き出して並べる	LiquidText のプロジェクトの中	無料。機能の追加はサブスクリプション
Zotero(アプリ)	Zotero のライブラリの PDF を読む	Zotero のライブラリの中	無料
Rectoly	Zotero・Mendeley の論文を読む	Zotero・Mendeley のライブラリの中	14 日間無料、その後は買い切り

選び方

書類 1 枚を記入・署名・確認したい。 ファイル App かプレビューのマークアップで。入れるものも払うものもありません。
勉強のために、主に手書きで書き込む。 Goodnotes か Notability。ノートがそのアプリの中にあり、PDF が要るときはコピーを書き出す、という形でよければ。
ほかの人にコメントを見てもらう。 Acrobat Reader か PDF Expert。コメントが標準の PDF 注釈なので、どのリーダーでも表示されます。
文献管理ソフトの論文を読む。 Zotero を使っていて、印刷されたままのページで足りるなら Zotero のアプリ。2段組の論文をたくさん読む、Mendeley を使っている、注釈を iPad だけでなくパソコンでも見たいなら Rectoly。

iPad で論文に書き込む

論文には、たいていの注釈アプリが解こうとしない問題が 2 つあります。

1 つ目はレイアウトです。学術誌の論文は印刷のために細い 2段組で組まれていて、iPad の幅では段ごとに拡大してずらしながら読むことになり、ハイライト 1 つがページとの小さな格闘になります。2 つ目は、注釈の行き先です。論文は、非営利団体が運営する無料の文献管理ソフト Zotero や、Elsevier の文献管理ソフト Mendeley のライブラリに属していて、別の PDF アプリで付けた注釈はそのアプリのコピーに残ります。ライブラリはそれを知りません。詳しくはZotero は、iPad で付けた注釈をどう扱うかに書きました。

iPad の Rectoly で、組み直した論文の本文にハイライト・下線・付箋を付けたところ。横に注釈の道具が並ぶ

Rectoly は、まさにこのためのリーダーです。Zotero か Mendeley のアカウントでサインインし、読書モードが 2段組の論文を画面の幅の 1カラムに組み直します。その組み直した本文の上で、ハイライト、下線、付箋、Apple Pencil の手書きができ、どの書き込みも元のページの位置に結び付いているので、ふつうの Zotero・Mendeley の注釈としてライブラリに保存され、パソコンでも論文と一緒に表示されます。手書きはライブラリの形式に従います。Zotero にはインクの注釈の型があり、Mendeley にはありません。そのため Mendeley 版では、手書きを論文に添付ファイルとして残し、Rectoly がどの端末でも描き直します。Mendeley の PDF に iPad で注釈を付けるに詳しく書いています。Rectoly は 14 日間無料で、その後は買い切りです。Zotero 版は 3,000 円、Mendeley 版は 8,000 円(App Store の価格)で、iPad・iPhone・Mac・Windows・Linux・Android のすべてで使えます。

Apple Pencil で書き込むときのコツ

色に意味を決めて、守る。 たとえば、主張は黄色、方法とデータは緑、疑問は赤。あとで色で絞り込めることのほうが、色とりどりのページより役に立ちます。
印だけでなく、理由を書く。 ハイライトは場所を教えてくれますが、横に書いた二言の理由は、1 か月後に忘れているものを教えてくれます。
Pencil のダブルタップやスクイーズで ペンと消しゴムを切り替えれば、ツールバーに手を伸ばさずに済みます。動きは設定 › Apple Pencil で変えられます。
最初の 1 つを書く前に、注釈を残す場所を決める。 1 学期分の書き込みを別のアプリへ移す作業は、誰もやりきれません。

よくある質問

iPad で PDF に無料で書き込むには?

ファイル App かプレビューで PDF を開き、マークアップのボタンを押して、Apple Pencil か指で書きます。完了を押せば、書き込みは PDF に保存されます。Adobe Acrobat Reader と PDF Expert でも、ハイライトとコメントは無料でできます。Zotero のライブラリの PDF なら、Zotero のアプリも無料です。

Apple Pencil が無くても iPad で PDF に書き込めますか?

書き込めます。マークアップもプレビューも注釈アプリも、指で操作できます。文字を選んでのハイライトは指でも同じようにできます。Pencil の違いが出るのは手書きです。

書き込んだ PDF は iPad でどう保存しますか?

ファイル App やプレビューのマークアップなら、完了を押すと同じ PDF に保存されます。Goodnotes や Notability のようなノートアプリでは、書き込みはアプリのノートに残るので、書き出しや共有で書き込み入りの PDF のコピーを保存します。Zotero と Rectoly では、注釈は付けたそばからライブラリに保存されます。

書き込みが消えた・ほかのアプリで表示されないのはなぜ?

たいていは、自分のノートやプロジェクトの中に注釈を残すアプリで書き、別の場所で開いたのが書き込みの入っていない元の PDF だったからです。書き込んだアプリからコピーを書き出すか、注釈を PDF や文献管理ソフトに書き込むアプリを使ってください。

iPad で PDF に書き込むおすすめのアプリは?

注釈をどこに残したいかで決まります。ちょっとした書き込みなら無料のマークアップ。手書きの勉強ノートなら Goodnotes か Notability。ほかの人が開くコメントなら Acrobat Reader か PDF Expert。Zotero や Mendeley のライブラリの論文なら、Zotero のアプリか Rectoly です。

買い切りで使える iPad の PDF 書き込みアプリはありますか?

あります。Rectoly は 14 日間のトライアルのあと買い切りで、Goodnotes も App Store でサブスクリプションと並んで買い切りの購入を表示しています。標準のマークアップは無料です。

iPad で付けた注釈は Zotero や Mendeley に表示されますか?

アプリがライブラリに書き込む場合だけです。Zotero のアプリや Rectoly で付けた注釈はライブラリに保存され、パソコンにも表示されます。別の PDF アプリで付けた注釈は、そのアプリのファイルのコピーに残ります。Mendeley には 2021 年以来、iPad 用の公式アプリがありません。