Mendeleyには、Elsevierが2021年3月15日にモバイルアプリを終了して以来、iPadアプリがありません（経緯はMendeleyのモバイルアプリに何が起きたのか）。残る現実的な方法は4つです。SafariでMendeleyのウェブ版ライブラリを開く、PaperShip、PDFをダウンロードしてGoodNotesのようなノートアプリで読む、そしてRectoly for Mendeleyです。
私はRectolyの開発者なので、Rectolyの列は、メーカーが自社製品を並べた比較表を読むときと同じ目で見てください。以下はすべて2026年9月24日にApp Storeの掲載情報で確認したもので、ほかから引いた事実には出典を付けました。間違いがあればお知らせください。すぐ直します。
結論の表
| Mendeleyウェブ版（Safari） | PaperShip | GoodNotes（PDFをダウンロード） | Rectoly for Mendeley |
|---|
| 開発元 | Elsevier | Shazino | Goodnotes | 独立した開発者 |
| App Storeの最終更新 | ウェブアプリ（版の概念なし） | 2019年11月13日（3.8.5） | 2026年9月21日（7.1.24） | 2026年9月24日（4.0.0） |
| 価格 | 無料（Mendeleyアカウント） | 無料、注釈ツールはアプリ内課金 | $28.99の買い切り、または年$11.99 | 14日間の試用後 $49.99の買い切り |
| Mendeleyライブラリを開く | できる | 2025年にMendeley同期不能との報告 | できない。PDFを1本ずつ | できる |
| ハイライトとメモがMendeleyに戻る | 戻る | 同期しないとの報告 | 戻らない（GoodNotesに残る） | 戻る（PDFに保存してMendeleyへ書き戻す） |
| Apple Pencilの手書き | ペンツールなし | PDFファイルに描き込まれる | できる（GoodNotesに残る） | できる（Rectolyの添付ファイルとして論文に付く） |
| 2段組を1カラムに組み直す | しない | しない | しない | する（読書モード） |
| オフラインで読む | できない | ダウンロード後は可 | できる | ダウンロード後は可 |
| MacとWindowsでも | Mendeley Reference Manager | Mac（同じ2019年版） | Mac | MacとWindows、同じ購入で |
以下は各セルの根拠です。
「Mendeleyに戻る」とは何か
Mendeleyの注釈モデルはハイライト・付箋メモ・下線で、それぞれページ上の位置を持ちますが、手書きのインクという型はありません（手書きへの影響はMendeleyのPDFにiPadで書き込む方法で詳しく書いています）。だから各方法への問いは2つに分かれます。ハイライトとメモはMendeleyのライブラリに届くのか。手書きはどこに残るのか。
ハイライトがMendeleyに届けば、PCのMendeley Reference Managerにもあり、論文と一緒に書き出され、iPadでどのアプリを使ったかに関係なく残ります。届かなければ、書き込んだPDFとライブラリに登録したPDFは別のファイルになり、その対応を覚えておくのはあなた自身です。
SafariでMendeleyウェブ版
何もインストールしなくてよい方法です。iPadでmendeley.comにサインインし、ライブラリを開き、PDFを開くと、ブラウザのリーダーでハイライトとメモが付けられ、そのままライブラリに保存されます。ここで付けたものは、すべてMendeleyの本来のデータとして残ります。
足りないのは、iPadで読む利点のほうです。ペンツールが無いので、Apple Pencilはタップとスクロールにしか使えません。オフラインでは開けません。PDFはそのままの版面なので、2段組は拡大と移動の繰り返しです。ブラウザはリーダーアプリのように読んでいた場所を覚えていません。論文をちょっと確認するには十分ですが、午後いっぱい読み込むには向きません。
PaperShip
PaperShipは長いあいだ、MendeleyでもZoteroでも、この問いへの答えでした。ライブラリを読み、ハイライト・メモ・手描き・スタンプでPDFに書き込めます。米国App Storeに926件の評価があるのは、その歴史の長さの表れです。
2026年9月時点の状況はこうです。現行版は2019年11月13日公開の3.8.5で、それ以降更新がありません。最近のApp Storeレビューは、Mendeley側がもう動かないと書いています。2025年1月のレビューはPaperShipで付けた注釈がMendeleyに同期されないと書き、2025年10月と2026年3月のレビューはZoteroへのサインインが完了しないと報告しています。現在の挙動を私自身で確かめられてはいないので、「壊れていると報告があり、1年以上直っていない」と読んでください。
動いたとしても、注釈はPDFファイルに描き込まれます。端末で読んでいるあいだは問題ありませんが、ほかの場所でも使いたくなったときに困ります。
GoodNotesにPDFをダウンロードする
Mendeleyのアプリではありませんが、実際に多くの人がこうしています。ウェブ版ライブラリからPDFをダウンロードし（手順はMendeleyのPDFをiPadに入れる方法）、GoodNotesで開いて読み、書きます。GoodNotesのペンの書き心地は評判どおりで、45万5千件の評価がそれを裏付けています。
そのかわり、ライブラリとのつながりを失います。GoodNotesが持つのはファイルのコピーで、そこに書いたものはMendeleyには一切届きません。書き込んだコピーを戻すには、平坦化したPDFを書き出して手でアイテムに添付します。その時点でMendeleyはハイライトをページの一部として表示し、注釈としては認識しません。ほとんどの人はこれをやらず、読書メモは論文の記録から切り離されたまま、GoodNotesの中に残り続けます。
価格は$28.99の買い切りか、Essentialプランで年$11.99です。ほかの用途ですでにGoodNotesを買っているなら追加費用はかからず、これは確かな利点です。
Rectoly for Mendeley
Rectolyは有料の第三者リーダーです。Mendeleyアカウントでサインインし、ライブラリを端末に取り込み、論文を読むために作られたリーダーで開きます。ハイライトとテキストメモはPDFに保存されてMendeleyに書き戻されるので、PCのMendeley Reference Managerにもあり、Rectolyをやめても手元に残ります。
買う前に知っておいてほしいのは、手書きの扱いです。Mendeleyにはインク注釈の型が無いので、RectolyはApple Pencilの筆跡を別ファイルとしてMendeleyの論文に添付します。Mendeley自体はそのファイルを描画しません。ほかの端末のRectolyが描画し、iCloudに版履歴つきでバックアップされ、JSONとして書き出せます。つまり、手書きはiPad・Mac・Windows PCのRectolyの間では論文についてまわりますが、Mendeley自身のリーダーには表示されません。
ウェブ版と違う点は2つです。ひとつは、2段組の論文を1カラムに組み直し、その上でハイライトも手書きもできる読書モード。もうひとつはオフラインで、ダウンロードした論文と注釈は端末に残ります。
限界も正直に書いておきます。14日間の試用のあとは$49.99の買い切りで、Zotero版より高いのは、MendeleyのAPIの制約でアプリ側の処理が多くなるためです。Elsevierとは無関係で、利用にはMendeleyアカウントが必要です。そして、独立して作っているプロジェクトです。実際の挙動は使い方ガイドに、できないことも含めて書いてあります。
どれを選ぶか
- ノートパソコンで読むのが中心で、iPadではたまに論文を確認する程度: Safariでウェブ版ライブラリを開くのが手軽です。インストール不要で、ハイライトはそのままMendeleyに残ります。
- iPadで何時間も、オフラインでも読みたい。しかもハイライトはMendeleyに残したい: Rectolyです。この3つを同時に満たすのは、4つの中でRectolyだけです。
- 考えるときは手書きが中心で、それをMendeleyに入れておく必要はない: PDFをダウンロードしてGoodNotesで読むのが合っています。
- PaperShipは2019年までなら順当な選択でした。更新が再開されるまで、いまMendeleyとの同期が必要な人には勧めにくいです。
Rectolyの列が本当かどうかは、14日間の無料試用で確かめられます。カード登録は要りません。ウェブ版は、いまブラウザで開けばそれで確かめられます。