Fichiers liés Zotero sur iPad : comment ouvrir les PDF de ZotFile et ZotMoov en 2026

Si ZotFile ou ZotMoov a déplacé vos PDF dans un dossier Dropbox, Google Drive ou OneDrive, l'app Zotero pour iPad affichera ces articles dans la liste, mais ne les ouvrira pas. La documentation de Zotero le dit sans détour : les fichiers liés « are also not supported in the Zotero iOS app » (ne sont pas non plus pris en charge dans l'app Zotero pour iOS) (Attaching Files). Il y a trois façons de contourner la limite : transformer pour un temps les articles dont vous avez besoin en fichiers stockés, ouvrir les PDF directement depuis le dossier cloud dans une autre app PDF, ou utiliser un lecteur qui suit le lien jusqu'au dossier synchronisé sur l'iPad.

Cet article explique pourquoi cette limite existe, puis passe en revue les trois solutions, y compris ce que chacune fait à vos surlignages et à votre écriture manuscrite. Je développe Rectoly, qui est la troisième option ; lisez donc cette section avec le recul qui s'impose. Tout ce qui suit a été vérifié le 26 septembre 2026 dans la documentation de Zotero, son code source et les forums Zotero. Si quelque chose est faux, dites-le-moi et je corrigerai.

En bref

Ce qu'est un fichier lié

Zotero conserve une pièce jointe de l'une de deux façons. Un fichier stocké est copié dans le dossier de stockage propre à Zotero et se synchronise via le stockage Zotero (Zotero Storage) ou votre serveur WebDAV. Un fichier lié reste là où il est, et Zotero n'en garde que le chemin.

ZotFile, et ZotMoov après lui, utilisent les fichiers liés à dessein. Ils déplacent chaque PDF hors du stockage de Zotero vers un dossier de votre choix, en général un dossier que Dropbox, Google Drive ou OneDrive synchronise déjà, et laissent un lien sur l'élément. La raison habituelle est la place. Le stockage Zotero est gratuit jusqu'à 300 Mo, puis coûte 20 $ par an pour 2 Go, 60 $ pour 6 Go et 120 $ pour un espace illimité (zotero.org/storage). Une bibliothèque de quelques milliers de PDF dépasse vite 2 Go, et beaucoup de gens paient déjà de l'espace cloud ailleurs.

La contrepartie figure dans la même documentation : « Linked files are not synced. » (Les fichiers liés ne sont pas synchronisés.) L'élément se synchronise ; le PDF ne voyage que par votre dossier cloud. Pour qu'un même lien fonctionne sur plusieurs ordinateurs, Zotero enregistre le chemin relativement à un dossier que vous indiquez dans Paramètres → Avancé → Fichiers et dossiers → Répertoire de base pour les pièces jointes liées, et chaque ordinateur pointe ce réglage vers sa propre copie du dossier synchronisé. Le README de ZotMoov donne le même conseil à quiconque synchronise entre plusieurs machines.

Pourquoi l'app Zotero ne peut pas les ouvrir

L'app iPad de Zotero n'a rien sur quoi appuyer ce montage. Elle reçoit l'élément et le chemin relatif, mais elle n'a pas de réglage de répertoire de base et ne demande jamais l'accès à votre dossier Dropbox, si bien que le chemin ne mène nulle part. Touchez le PDF et vous obtenez le message que les gens citent sur les forums depuis 2022 :

Linked files are not supported on iOS. You can open them using the Zotero desktop app.

(Les fichiers liés ne sont pas pris en charge sur iOS. Vous pouvez les ouvrir avec l'application Zotero pour ordinateur.)

Interrogé à ce sujet, Dan Stillman, de l'équipe Zotero, a répondu que « the iOS app supports Zotero Storage and WebDAV, not linked files » (l'app iOS prend en charge Zotero Storage et WebDAV, pas les fichiers liés) (fil du forum, mars 2022). Un fil de novembre 2025 montre que rien n'a changé (Switching between stored and linked files to annotate pdfs on iPad), et la documentation de Zotero dit la même chose de son app Android.

C'est une décision sur ce que l'app prend en charge, pas une limite de l'iPad. Une app iPad peut demander l'accès à un dossier de l'app Fichiers, par exemple un dossier Dropbox ou OneDrive, et la troisième option ci-dessous repose exactement là-dessus.

Ce qu'est devenu ZotFile

Beaucoup de bibliothèques en fichiers liés ont été construites avec ZotFile, dont la fonction « send to tablet » (envoyer vers la tablette) était l'ancienne réponse à cette question : elle copiait les PDF dans un dossier visible par la tablette et rapatriait ensuite les annotations. ZotFile n'est plus maintenu. En juillet 2023, son développeur a écrit qu'il ne le mettrait pas à jour pour Zotero 7 et que « you should not expect zotfile to work in Zotero 7 » (il ne faut pas s'attendre à ce que ZotFile fonctionne dans Zotero 7) (On Zotfile development and Zotero 7). Sa dernière version stable, la 5.1.2, est sortie en octobre 2022.

Depuis Zotero 7, Zotero renomme lui-même les fichiers (il a atteint la version 10 en août 2026), et ZotMoov, « a simple plugin for managing attachments in Zotero 7 » (un petit plugin pour gérer les pièces jointes dans Zotero 7) toujours mis à jour (1.2.32, août 2026), les déplace dans un dossier personnalisé comme fichiers liés. Ni l'un ni l'autre n'a de flux de travail pour tablette, et c'est pourquoi la question revient sans cesse.

Option 1 : transformer les articles dont vous avez besoin en fichiers stockés

La voie officielle, et celle que les utilisateurs de Zotero suggèrent sur les forums.

1. Sur votre ordinateur, sélectionnez les articles que vous voulez sur l'iPad.
2. Choisissez Outils → Gérer les pièces jointes → Convertir les fichiers liés en fichiers stockés…. Si vous utilisez ZotMoov, sa commande du clic droit qui ramène les fichiers depuis son dossier fait le même travail.
3. Laissez Zotero se synchroniser. Les PDF sont maintenant des fichiers stockés et s'ouvrent dans l'app Zotero comme n'importe quel autre.
4. Quand vous avez terminé, remettez-les dans le dossier lié avec ZotMoov.

Vos annotations survivent à l'aller-retour, parce que Zotero conserve les annotations dans sa base de données et non dans le PDF. La personne qui posait la question dans le fil de novembre 2025 a confirmé que les siennes avaient été préservées. Les surlignages, les notes et l'encre de l'Apple Pencil faits dans l'app Zotero sont des annotations Zotero ordinaires.

Le coût : c'est manuel, cela doit être fait avant de quitter l'ordinateur, et les PDF convertis comptent dans votre quota de stockage Zotero (ou dans l'espace de votre serveur WebDAV) tant qu'ils sont stockés, ce qui est précisément ce que les fichiers liés devaient éviter.

Option 2 : ouvrir le PDF depuis le dossier cloud dans une autre app

Vos PDF sont déjà dans Dropbox, Google Drive ou OneDrive, et ces apps placent le dossier dans l'app Fichiers de l'iPad. Vous pouvez donc ouvrir un article depuis là dans n'importe quelle app PDF, que ce soit PDF Expert, GoodNotes ou l'annotation intégrée de l'app Fichiers, et écrire dessus.

Ce que vous modifiez est le fichier lié lui-même, donc le changement atteint votre ordinateur par le dossier cloud sans étape supplémentaire. Les annotations, en revanche, sont écrites dans le PDF, pas dans Zotero. Sur l'ordinateur, le lecteur de Zotero les affiche avec un cadenas, en lecture seule. Pour en faire des annotations Zotero, vous ouvrez le PDF et choisissez Fichier → Importer les annotations…, ce qui les déplace dans la base de données et les retire du fichier (Annotations in the database). Un fil du forum d'août 2025 note que le tracé à main levée et les notes de texte libre ne passent pas lors de cet import.

Deux autres choses à savoir. Vous trouvez les articles par nom de fichier et par dossier, pas par collection, marqueur ou recherche ; des noms à la ZotFile comme Smith - 2021 - Title.pdf rendent cela supportable, et une grande bibliothèque rend cela lent. Et les annotations que vous avez déjà faites dans Zotero sur l'ordinateur vivent dans la base de données de Zotero, pas dans le fichier, donc l'autre app ne les montre pas.

Option 3 : un lecteur qui suit le lien

C'est ce que fait Rectoly for Zotero sur l'iPad depuis la version 4.0 (24 septembre 2026). Il fait ce que Zotero fait sur un second ordinateur : vous lui dites où se trouve le dossier synchronisé sur cet appareil, et il résout chaque lien à partir de là.

1. Sur votre ordinateur, regardez Paramètres → Avancé → Fichiers et dossiers → Répertoire de base pour les pièces jointes liées dans Zotero, pour savoir de quel dossier il s'agit.
2. Sur l'iPad, installez l'app Dropbox, Google Drive ou OneDrive pour que le dossier apparaisse dans l'app Fichiers. iCloud Drive y est déjà.
3. Dans Rectoly, ouvrez Paramètres › Sync & Sauvegarde › Fichiers liés (ZotFile, ZotMoov), touchez Choisir un dossier et sélectionnez ce dossier.
4. Ouvrez un article comme d'habitude. Les articles dont le PDF est un fichier lié portent la mention Lié dans la bibliothèque.

Le dossier n'a pas besoin de correspondre exactement : si le répertoire de base de Zotero est Dropbox/Zotero et que vous choisissez Dropbox, les fichiers sont quand même trouvés. Si un lien échoue encore, parce qu'un dossier a été renommé ou qu'un vieux lien ZotFile contient un chemin absolu d'un autre ordinateur, Localiser… vous laisse désigner ce seul fichier, et Rectoly en déduit la règle pour le reste de la bibliothèque.

Ce qui arrive au fichier. Rectoly copie le PDF dans son propre stockage et ouvre la copie. Il n'écrit, ne renomme et ne déplace jamais rien dans votre dossier, et il ne demande au système qu'un accès en lecture. Si le PDF du dossier change plus tard, il remarque la nouvelle taille et la nouvelle date et le copie à nouveau. Le dossier est lu sur l'iPad ; rien de son contenu ne passe par les serveurs de Rectoly.

Ce qui arrive à vos annotations. Surlignages, soulignements, notes et encre de l'Apple Pencil vont dans Zotero comme annotations de cette pièce jointe, exactement comme pour un fichier stocké. Après la synchronisation suivante, elles apparaissent dans Zotero sur l'ordinateur, à côté de tout ce que vous y avez annoté. Le mode lecture, qui recompose un article à deux colonnes en une seule, fonctionne aussi sur les articles liés.

Les limites.

• Les fichiers liés n'existent que dans Ma bibliothèque. Zotero ne les autorise pas dans les bibliothèques de groupe, il n'y a donc rien de ce genre à ouvrir là.
• L'app cloud décide de ce qui se trouve sur l'appareil. Si Rectoly affiche Impossible de lire le fichier lié, rendez le fichier ou le dossier disponible hors ligne dans l'app Dropbox ou Google Drive, puis réessayez.
• Un PDF que vous ajoutez dans Rectoly part dans le stockage Zotero ou sur votre serveur WebDAV, pas dans le dossier lié. Créer des fichiers liés reste le travail de l'extension sur votre ordinateur.
• C'est 19,99 $, une fois, après 14 jours d'essai, et l'app Zotero est gratuite. Le même achat couvre Rectoly for Zotero sur iPhone, Mac, Windows et Android, où le réglage fonctionne de la même façon. Sur Android, l'app Google Drive ne confie pas de dossier aux autres apps, donc vous liez les fichiers un par un ou vous utilisez une app de synchronisation ; le guide donne les détails pour chaque système.

Laquelle choisir

• Vous lisez sur l'iPad de temps en temps : convertissez la poignée d'articles dont vous avez besoin. C'est gratuit et vous restez dans l'app de Zotero.
• Vous vivez déjà dans PDF Expert ou GoodNotes et n'avez pas besoin de vos marques dans Zotero : ouvrez les articles depuis le dossier cloud.
• Toute votre bibliothèque est en fichiers liés et l'iPad est l'endroit où vous lisez : un lecteur qui suit le lien, pour que la bibliothèque, le quota de stockage et les annotations restent tous tels quels.

Si vous êtes encore en train de choisir une app iPad pour Zotero de manière générale, la comparaison plus large se trouve dans Zotero sur iPad en 2026.

Questions fréquentes

L'app Zotero pour iPad peut-elle ouvrir les fichiers liés ?

Non. L'app Zotero pour iPad et iPhone ouvre les fichiers stockés dans Zotero Storage ou sur un serveur WebDAV, pas les fichiers liés. Les éléments avec des fichiers liés apparaissent dans la bibliothèque, mais ouvrir le PDF affiche « Linked files are not supported on iOS. » (Les fichiers liés ne sont pas pris en charge sur iOS.)

ZotFile fonctionne-t-il avec Zotero 7 ou une version ultérieure ?

Non. Le développeur de ZotFile a dit en juillet 2023 qu'il ne le mettrait pas à jour pour Zotero 7, et sa dernière version stable date de 2022. À partir de la version 7, Zotero renomme lui-même les pièces jointes, et ZotMoov est le plugin que la plupart des gens utilisent désormais pour déplacer les pièces jointes dans un dossier personnalisé comme fichiers liés.

Puis-je utiliser des fichiers liés dans une bibliothèque de groupe Zotero ?

Non. Zotero n'autorise les fichiers liés que dans Ma bibliothèque, parce que les autres membres d'un groupe n'auraient aucune garantie d'accès au même emplacement de fichier.

Les annotations que je fais sur l'iPad arrivent-elles dans Zotero quand le PDF est un fichier lié ?

Cela dépend de l'app. Les annotations faites dans l'app de Zotero (après conversion du fichier en fichier stocké) ou dans Rectoly sont des annotations Zotero et se synchronisent vers l'ordinateur. Les annotations faites dans une app PDF séparée sont écrites dans le PDF et doivent être rapatriées avec Fichier → Importer les annotations… dans Zotero, et le tracé à main levée ne passe pas.

Convertir un fichier lié en fichier stocké fait-il perdre mes annotations ?

Non. Zotero conserve les annotations dans sa base de données, pas dans le PDF, elles restent donc avec l'article quand son fichier passe de lié à stocké et inversement.

L'app Zotero pour Android ouvre-t-elle les fichiers liés ?

Non. La documentation de Zotero dit que les fichiers liés ne sont pas non plus pris en charge dans son app Android. Rectoly for Zotero sur Android les ouvre depuis un dossier ou un fichier de l'appareil.